Les éditions Vagnon sont fondées en 1963, par Henri Vagnon, fonctionnaire d’un service de navigation, auteur d’un premier ouvrage sur la réglementation fluviale. Petite entreprise familiale, Vagnon se développe d’abord autour des Codes Vagnon de préparation aux permis côtier, hauturier et fluvial. Au cours des décennies qui suivent, elle se diversifie avec des ouvrages pédagogiques ou réglementaires autour du nautisme, de la plongée, de la pêche mais aussi du secourisme.
En 2013, Vagnon est rachetée par le groupe de communication Média Participations. Vagnon s'offre alors une cure de rajeunissement. De nouvelles collections grand public voient le jour, avec des livres de loisirs créatifs, d’art de vivre ou des albums documentaires jeunesse dédiés à la mer sans négliger pour autant les codes, les guides réglementaires et de formation qui constituent le cœur de son catalogue.
Les éditions Vagnon publient aujourd’hui une quarantaine de nouveautés par an.